在企业会计实务中，存货的成本差异调整是一个常见的操作，尤其是在年末进行结账和审计时。当发现存货科目的成本差异调整为负数时，需要谨慎处理，以确保财务数据的真实性和准确性。以下是一些应对策略和建议：

一、明确成本差异的来源

首先，需要仔细分析成本差异产生的原因。成本差异可能来源于材料采购价格的变化、生产过程中的效率差异、运输费用波动等。只有明确差异的具体来源，才能采取针对性的措施。

二、检查核算流程

检查企业的存货核算流程是否存在错误或疏漏。例如，是否正确计算了原材料的入账价值？是否准确记录了各项费用的分摊？通过复核核算流程，可以及时发现并纠正可能导致成本差异的问题。

三、调整会计处理方式

如果成本差异调整为负数，通常意味着实际成本低于预期成本。此时，企业可以选择以下几种处理方式：

- 冲减当期成本：将负数成本差异直接冲减当期的生产成本或销售成本。

- 递延至下期：将部分或全部负数成本差异递延至下一会计期间，以平滑利润波动。

- 调整库存价值：根据负数成本差异调整期末存货的价值，使其更接近实际成本。

四、与审计人员沟通

在年末结账过程中，审计人员可能会对企业成本差异的处理提出意见。因此，建议提前与审计人员沟通，说明负数成本差异的原因及处理方案，争取获得他们的认可和支持。

五、完善内部控制制度

为了避免类似问题再次发生，企业应不断完善内部控制制度，加强对存货管理的监督和控制。例如，建立定期盘点制度、优化采购流程、加强成本核算培训等。

六、案例分析

某制造企业在年末对存货进行盘点时，发现部分原材料的实际成本低于账面价值，导致成本差异调整为负数。经过详细分析，发现是由于供应商降价供货所致。企业最终决定将这部分负数成本差异冲减当期生产成本，并调整了相关存货的账面价值，确保了财务报表的准确性和透明度。

综上所述，当年末存货科目的成本差异调整为负数时，企业应冷静分析，合理处理，并通过改进管理流程来防范类似问题的发生。只有这样，才能确保企业的财务状况健康稳定，为未来的经营决策提供可靠依据。